A telepítést követően a Kaspersky Endpoint Security hozzáadja a Kaspersky tanúsítványt a rendszer által tárolt megbízható tanúsítványok közé (Windows tanúsítványtároló). A Kaspersky Endpoint Security ezt a tanúsítványt használja a titkosított kapcsolatok vizsgálatához. A Kaspersky Endpoint Security emellett használja a Firefox és a Thunderbird megbízható tanúsítványainak rendszertárolóját is ezen alkalmazások adatforgalmának vizsgálatához.
A Webfelügyelő, a Levelezés védelem és a Web védelem összetevő képes a következő protokollokon keresztül küldött forgalmat visszafejteni és vizsgálni: